一、依據(jù)不同：工程竣工決算審計依據(jù)《審計法》和審計署發(fā)《基本建設(shè)竣工決算審計工作要求》進行；工程造價審核主要是根據(jù)國家有關(guān)法規(guī)和政策，依據(jù)國家建設(shè)行政主管部門頒發(fā)的工程定額工料消耗標準、取費標準以及人工、材料、機械臺班價格參數(shù)、設(shè)計圖紙和工程實物量，工程造價的確認和控制進行有效的監(jiān)督檢查。二、標的不同：工程竣工結(jié)算審計以基建項目為標；工程造價審核以單位工種為標。三、從業(yè)人員不同：工程竣工結(jié)算審計以會計師、審計師為主；工程造價審核以工程經(jīng)濟和工程技術(shù)人員為主。目前國家正在實行注冊造價工程師制度，今后的工程造價審核，將以造價工程師為主。四、法律效力不同：工程竣工結(jié)算審計機關(guān)和被審計單位是一種審計行政法律關(guān)系，審計機關(guān)的審計監(jiān)督只對被審計單位產(chǎn)生法律效力，對其它單位不產(chǎn)生連帶法律約束力；而工程造價審核中的工程結(jié)算審核，以施工承包合同為基礎(chǔ)．以承發(fā)包雙方發(fā)生的實物交易為依據(jù)，按照國家或地方施工工、料、機消耗標準進行核算，對雙方有約束力。五、目的不同：工程竣工結(jié)算審計的目的是加強對公有制投資者資金進行有效的控制，減少投資者濫用職權(quán)截留資金，轉(zhuǎn)移資金于小金庫，造成建設(shè)資金流失，實施違法違規(guī)行為。其職能是一種監(jiān)督行為；工程造價審核的目的是運用科學(xué)、技術(shù)原理和經(jīng)濟法律手段，解決工程建設(shè)活動中工程造價的確定與控制，從而達到提高投資效益的經(jīng)濟效益目的的行為，是確定造價的實施過程和行為。