申請人進入中國工程建設(shè)信息網(wǎng)或中華人民共和國建設(shè)部網(wǎng)站，登錄"注冊監(jiān)理工程師管理系統(tǒng)"，填寫并打印《申請注冊監(jiān)理工程師初始注冊申請表》。在網(wǎng)上申請注冊后，需將申請初始注冊的申報材料遞交申請人所在的聘用單位即可。

初始注冊者，可自資格證書簽發(fā)之日起3年內(nèi)提出申請。逾期未申請者，須符合繼續(xù)教育的要求后方可申請初始注冊。

水利監(jiān)理工程師監(jiān)理專業(yè)分為水利工程施工、水土保持工程施工、機電及金屬結(jié)構(gòu)設(shè)備制造、水利工程建設(shè)環(huán)境保護4類。

監(jiān)理企業(yè)同意后，由監(jiān)理企業(yè)向其工商注冊地的省、自治區(qū)、直轄市人民政府水行政主管部門提交申請材料。但是，流域管理機構(gòu)直屬單位獨資或控股成立的監(jiān)理企業(yè)，應(yīng)當(dāng)向流域管理機構(gòu)提交申請材料；水利部直屬單位獨資或控股成立的監(jiān)理企業(yè)，應(yīng)當(dāng)向水利部提交申請材料。

省、自治區(qū)、直轄市人民政府水行政主管部門和流域管理機構(gòu)應(yīng)當(dāng)自收到申請材料之日起10個工作日內(nèi)提出意見，并連同申請材料轉(zhuǎn)報水利部。

水利部自收到申請材料之日起20個工作日內(nèi)完成審查工作，對符合條件者準(zhǔn)予注冊備案，并頒發(fā)《水利工程建設(shè)監(jiān)理工程師注冊證書》和執(zhí)業(yè)印章。