咨詢工程師的證書由國家人力資源和社會保障部下屬的全國職業(yè)技能鑒定中心頒發(fā)。具體發(fā)證流程如下：首先，申請人需要參加咨詢工程師職業(yè)技能鑒定考試，并且通過考試。其次，經(jīng)考試合格后，申請人需先向當?shù)貏趧硬块T進行職稱評審，然后向全國職業(yè)技能鑒定中心遞交材料，包括職稱評審?fù)ㄟ^的證明、職業(yè)技能鑒定合格證書等相關(guān)材料，填寫申請表，并繳納相關(guān)的證書頒發(fā)費用。最后，全國職業(yè)技能鑒定中心審核材料無誤后，將頒發(fā)咨詢工程師證書并郵寄給申請人。需要注意的是，咨詢工程師證書的頒發(fā)需要申請人本人親自辦理，并且頒發(fā)的證書具有期限性，需要在規(guī)定的有效期內(nèi)進行更新和續(xù)期。