就國內(nèi)而言，江南大學(xué)的發(fā)酵專業(yè)最好,擁有該專業(yè)全國唯一國家級重點學(xué)科,還建有工業(yè)生物技術(shù)教育部重點實驗室、國家生命科學(xué)與技術(shù)人才培養(yǎng)基地、江蘇省生物活性產(chǎn)品加工工程研究中心和發(fā)酵技術(shù)國家工程研究中心。 其次，華南理工大學(xué)發(fā)酵工程學(xué)科也有悠久歷史，是全國最早設(shè)立的發(fā)酵工程專業(yè)，1952年在食品工學(xué)專業(yè)設(shè)立發(fā)酵工程專門化，1981年設(shè)立發(fā)酵工程碩士點，1987年設(shè)立發(fā)酵工程博士點、博士后流動站。它的學(xué)科研究方向比較齊全。包括微生物工程、酶工程、生化工程和生物制藥、酒精、酒類、氨基酸、有機酸、核苷與核苷酸、抗生素等的菌種、工藝和設(shè)備的研究開發(fā)、酶工程研究，在酶的生物合成及其調(diào)控、酶的分離純化、酶與細胞固定化、酶分子修飾、酶的非水相催化、基因工程和細胞工程等。該學(xué)科師資力量雄厚，有很多國內(nèi)外知名學(xué)者，如發(fā)酵工程專家、博士生導(dǎo)師姚汝華教授，酶工程專家、博士生導(dǎo)師郭勇教授，生化工程專家、博士生導(dǎo)師梁世中教授，酶工程專家余若黔教授，生物制藥專家、博士生導(dǎo)師趙樹進主任藥師和生物制藥專家鄭文嶺主任醫(yī)師等。 該專業(yè)比較好的高校還有天津科技大學(xué)、南京工業(yè)大學(xué)、山東輕工業(yè)學(xué)院、山東大學(xué)、天津大學(xué)、大連輕工業(yè)學(xué)院、北京化工大學(xué)、南京農(nóng)業(yè)大學(xué)、浙江工業(yè)大學(xué)、四川大學(xué)、天津商業(yè)大學(xué)、四川理工學(xué)院、廣西大學(xué)、吉林農(nóng)業(yè)大學(xué)、湖北工業(yè)大學(xué)、內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)、福州大學(xué)等。