個稅專項附加扣除的操作方式：1、由單位按月發(fā)工資預扣稅款時辦理。除大病醫(yī)療以外，對其他五項扣除，可以選擇在單位發(fā)放工資薪金時，按月享受專項附加扣除政策。自行在年度綜合所得匯算清繳申報時辦理。2、自行在年度綜合所得匯算清繳申報時辦理。《中華人民共和國個人所得稅法》第十一條居民個人取得綜合所得，按年計算個人所得稅；有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次預扣預繳稅款；需要辦理匯算清繳的，應當在取得所得的次年三月一日至六月三十日內(nèi)辦理匯算清繳。預扣預繳辦法由國務院稅務主管部門制定。居民個人向扣繳義務人提供專項附加扣除信息的，扣繳義務人按月預扣預繳稅款時應當按照規(guī)定予以扣除，不得拒絕。非居民個人取得工資、薪金所得，勞務報酬所得，稿酬所得和特許權使用費所得，有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次代扣代繳稅款，不辦理匯算清繳。