曾獲全國優(yōu)秀教學成果二等獎，霍英東優(yōu)秀教學成果獎，國家統(tǒng)計科技進步獎,江蘇省優(yōu)秀教學成果三等獎，江蘇省科技進步獎等。1999年入選江蘇省“333人才工程”第二層次培養(yǎng)對象和南京大學中青年學術(shù)骨干。2010獲“中國最具魅力校長”稱號。 1. 施建軍, 1998, 教學成果《不斷創(chuàng)新，改革和發(fā)展企業(yè)管理學科》全國優(yōu)秀教學成果二等獎, 國家2. 施建軍, 1996, 教學成果《不斷創(chuàng)新，改革和發(fā)展企業(yè)管理學科》江蘇省優(yōu)秀教學成果一等獎, 江蘇省3. 施建軍, 1995, 獲南京大學青年教師“學術(shù)研究獎”, 南京大學4. 施建軍, 1993, 課程<<統(tǒng)計學課程建設(shè)與改革>>獲江蘇省優(yōu)秀教學成果獎三等獎, 江蘇省5. 施建軍, 1992, 全國霍英東教育基金優(yōu)秀教學成果三等獎, 南京大學6. 施建軍, 1992, 獲中共南京大學黨委優(yōu)秀共產(chǎn)黨員稱號, 南京大學7. 施建軍, 1992, 課程《統(tǒng)計學教學內(nèi)容與方法改革》南京大學優(yōu)秀教學一等獎, 南京大學8. 施建軍, 1991, 獲南京大學做出顯著成績的博士.碩士稱號, 南京大學9. 施建軍, 1990, 獲江蘇省鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)局南京大學商學院鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)崗位培訓優(yōu)秀教學質(zhì)量獎, 南京大學10. 施建軍, 1989, 南京大學櫻松獎學二等獎, 南京大學11. 施建軍, 1988, 被評為“我所喜愛的青年教師”, 南京大學12. 施建軍, 1988, 《“統(tǒng)計學”課程建設(shè)》南京大學課程建設(shè)優(yōu)秀獎二等獎, 南京大學 1. 施建軍, 2008, 國家統(tǒng)計局二等獎, 國家統(tǒng)計局2. 施建軍, 2008, 課題成果《科技進步對經(jīng)濟增長貢獻的評價方法及測算研究》在江蘇省第十屆江蘇省科研優(yōu)秀成果獎獲課題類一等獎, 江蘇省3. 施建軍, 2007, 課題成果《科技進步對經(jīng)濟增長貢獻的評價方法及測算研究》在江蘇省第十屆哲學社會科學優(yōu)秀成果評獎獲江蘇省政府三等獎, 江蘇省4. 施建軍, 2005, 論著《大學財務(wù)綜合評價研究》在江蘇省第九屆（2003-2004）哲學社會科學優(yōu)秀成果評獎獲江蘇省政府二等獎, 江蘇省5. 施建軍, 2000, 課題《統(tǒng)計學案例教材》獲第五屆全國統(tǒng)計優(yōu)秀成果三等獎, 國家6. 施建軍, 1999, 《1998-2010年城鎮(zhèn)住宅需求總量預(yù)測》獲江蘇省數(shù)量經(jīng)濟與管理科學學會年會一等獎, 江蘇省數(shù)量經(jīng)濟與管理科學學會7. 施建軍, 1997, 著作《科技進步監(jiān)測研究》獲江蘇省第五屆哲學社會優(yōu)秀成果三等獎, 江蘇省8. 施建軍 , 1997, 論文“關(guān)于高等學校財務(wù)改革的思考”獲《事業(yè)財會》論文大獎賽優(yōu)秀論文一等獎, 事業(yè)財會9. 施建軍, 1997, 課題《中國科學研究與技術(shù)開發(fā)機構(gòu)綜合科技實力和運行績效評價研究》獲國家科委1997年度科技進步二等獎, 國家科委10. 施建軍, 1997, 論文《中國科學研究與技術(shù)開發(fā)機構(gòu)綜合科技實力和運行績效評價研究》獲國家科委科技進步二等獎, 國家科委11. 施建軍, 1995, 課題《江蘇省科技進步統(tǒng)計監(jiān)測研究》獲第四屆江蘇省統(tǒng)計科技進步一等獎, 江蘇省12. 施建軍, 1995, 論文《高等院校財務(wù)綜合評價研究》獲中國教育會計學會首屆會計論文大獎賽二等獎, 中國教育會計學會13. 施建軍, 1995, 論文《R&D資源投入統(tǒng)計初探》獲首屆國家教委哲學社會科學優(yōu)秀成果二等獎, 國家教委14. 施建軍, 1995, 論文《經(jīng)濟景氣的監(jiān)測系統(tǒng)研究》獲江蘇省教委首屆人文.社會科學優(yōu)秀成果三等獎, 江蘇省教委15. 施建軍, 1994, 主編教材《統(tǒng)計學教程》被全國統(tǒng)計教材編審委員會評為1994年度全國推薦使用教材,16.施建軍, 1994, 課題《江蘇省科技進步統(tǒng)計監(jiān)測研究》獲江蘇省科技進步二等獎, 江蘇省17. 施建軍, 1994, 著作《科技系統(tǒng)分析》獲江蘇省第四屆哲學社會優(yōu)秀成果三等獎, 江蘇省18. 施建軍, 1994, 論文《中國科學研究與技術(shù)開發(fā)機構(gòu)綜合科技實力和運行績效評價研究》獲江蘇省科學學與科技管理研究會優(yōu)秀論文獎, 江蘇省19.施建軍, 1993, 課題《江蘇省經(jīng)濟景氣循環(huán)監(jiān)測系統(tǒng)》獲全國統(tǒng)計計算機軟件二等獎,20.施建軍, 1993, 論文《層次分析法在統(tǒng)計綜合評價中的應(yīng)用》獲第三屆江蘇省統(tǒng)計科技進步三等獎, 江蘇省21. 施建軍, 1993, 課題《科技興省統(tǒng)計監(jiān)控和評價指標的適應(yīng)與運行》獲第二屆全國統(tǒng)計科技進步三等獎,22.施建軍, 1993, 課題《江蘇省經(jīng)濟景氣循環(huán)監(jiān)測系統(tǒng)》獲全國統(tǒng)計科技進步三等獎,23.施建軍, 1993, 課題《江蘇“科技興省”戰(zhàn)略與政策研究》獲全國科技進步三等獎,24.施建軍, 1992, 江蘇省科協(xié)第二屆“中青年科技提名獎”, 江蘇省科協(xié)25. 施建軍, 1992, 課題《江蘇“科技興省”戰(zhàn)略與政策研究》獲江蘇省科技進步二等獎, 江蘇省26. 施建軍, 1991, 論文《科技統(tǒng)計指標設(shè)計的理論與實踐》獲江蘇省優(yōu)秀統(tǒng)計論文二等獎, 江蘇省27. 施建軍, 1991, 著作《科技統(tǒng)計分析與評價》獲江蘇省第三次哲學社會科學三等獎, 江蘇省28. 施建軍, 1991, 著作《社會主義市場的系統(tǒng)分析》獲江蘇省第三次哲學社會科學三等獎, 江蘇省29. 施建軍, 1991, 課題《科技興省的監(jiān)測監(jiān)控指標體系研究》獲全國統(tǒng)計科學研究成果,30.施建軍, 1991, 論文《第一生產(chǎn)力論綱》獲優(yōu)秀論文獎, 國家科委,中國科協(xié),科技日報,中央廣播電臺,山東科學技術(shù)出版社31. 施建軍, 1990, 課題《江蘇省全社會科技投入研究》獲江蘇省科技進步三等獎, 江蘇省32. 施建軍, 1988, 論文《江蘇省大中企業(yè)科技開發(fā)能力綜合評價》獲南京大學五.二0青年優(yōu)秀論文獎, 南京大學