1．兩者的審計(jì)目標(biāo)不同。內(nèi)部審計(jì)主要是對(duì)內(nèi)部控制的有效性、財(cái)務(wù)信息的真實(shí)性和完整性以及經(jīng)營(yíng)活動(dòng)的效率和效果所開展的一種評(píng)價(jià)活動(dòng)；注冊(cè)會(huì)計(jì)師審計(jì)主要對(duì)被審計(jì)單位財(cái)務(wù)報(bào)表的真實(shí)性（或合法性）和公允性進(jìn)行審計(jì)。2．兩者獨(dú)立性不同。內(nèi)部審計(jì)為組織內(nèi)部服務(wù)，接受總經(jīng)理或董事會(huì)的領(lǐng)導(dǎo)，獨(dú)立性較弱。注冊(cè)會(huì)計(jì)師審計(jì)為需要可靠信息的第三方提供服務(wù)，不受被審計(jì)單位管理層的領(lǐng)導(dǎo)和制約，獨(dú)立性較強(qiáng)。3．兩者接受審計(jì)的自愿程度不同。內(nèi)部審計(jì)是代表總經(jīng)理或董事會(huì)實(shí)施的組織內(nèi)部監(jiān)督，是內(nèi)部控制制度的重要組成部分，單位內(nèi)部的組織必須接受內(nèi)部審計(jì)人員的監(jiān)督。注冊(cè)會(huì)計(jì)師審計(jì)是以獨(dú)立的第三方對(duì)被審計(jì)單位進(jìn)行的審計(jì)，委托人可自由選擇會(huì)計(jì)師事務(wù)所。4．兩者遵循的審計(jì)標(biāo)準(zhǔn)不同。內(nèi)部審計(jì)人員遵循的是內(nèi)部審計(jì)準(zhǔn)則；而注冊(cè)會(huì)計(jì)師遵循的是注冊(cè)會(huì)計(jì)師審計(jì)準(zhǔn)則。5．兩者審計(jì)的時(shí)間不同。內(nèi)部審計(jì)通常對(duì)單位內(nèi)部組織采用定期或不定期審計(jì)，時(shí)間安排比較靈活；而注冊(cè)會(huì)計(jì)師審計(jì)通常是定期審計(jì)，每年對(duì)被審計(jì)單位的財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)一次。