會計信息系統(tǒng)與手工會計系統(tǒng)的異同點還是蠻多的。兩者不同點在于：(1)系統(tǒng)初始化設置工作有差異。手工會計的初始化工作包括建立會計科目，開設總賬，登錄余額等;會計電算化的初始化設置工作則較為復雜，且?guī)в幸欢ǖ碾y度，其內(nèi)容主要有會計系統(tǒng)的安裝，賬套的設置，網(wǎng)絡用戶的權限設置，操作員及權限的設置，軟件運行環(huán)境的設置，科目級別與位長的設置，會計科目及其代碼的建立，最明細科目初始余額的輸入，憑證類型設置，自動轉賬分錄定義，會計報表名稱、格式、數(shù)據(jù)來源公式的定義等。(2)科目的設置和使用上存在差異。在手工會計中，由于手工核算的限制，將賬戶分設為總賬和明細賬，明細賬大多僅設到三級賬戶，此外，再開設輔助賬戶以滿足管理核算上的需要;科目的設置和使用一般都僅為中文科目。而在會計電算化中，計算機可以處理各種復雜的工作，科目的級數(shù)和位長設置因不同的軟件而異，有的財務軟件將科目的級崐數(shù)可設置到6級以上，完全滿足了會計明細核算方面的需要;科目的設置上除設置中文科目外，仍應設置與中文科目一一對應的科目代碼，使用科目時，計算機只要求用戶輸入某一科目代碼，而不要求輸入該中文科目，但在顯示打印時，一般都將中文科目和與之對應的科目代崐碼同時顯示。(3)賬務處理程序上存在差異。手工會計根據(jù)企業(yè)的生產(chǎn)規(guī)模、經(jīng)營方式和管理形式的不同，采用不同的會計核算形式，常用的賬務處理程序有記賬憑證核算形式、科目匯總表核算形式、匯總記賬憑證核算形式、日記賬核算形式等，對業(yè)務數(shù)據(jù)采用了分散收集、分散處理、重復登記的操作方法，通過多人員、多環(huán)節(jié)進行內(nèi)部牽制和相互核對，目的是為了簡化會計核算的手續(xù)，以減少舞弊和差錯。而在會計電算化中，一般要根據(jù)文件的設置來確定，常用的是日記賬文件核算形式和憑證文件核算形式，在一個計算機會計系統(tǒng)中，通常只采用其中一種核算形式，對數(shù)據(jù)進行集中收集、統(tǒng)一處理、數(shù)據(jù)共享的操作方法。(4)賬簿格式存在差異。在手工會計中，賬簿的格式分為訂本式、活頁式和卡片式三種，并且對現(xiàn)金日記賬、銀行存款日記賬和總賬必須采用訂本式賬簿。而在計算機會計系統(tǒng)中，由于受到打印機的條件限制，不太可能打印出訂本式賬簿，因此根據(jù)《會計電算化工作規(guī)范》規(guī)定，所有的賬頁均可按活頁式打印后裝訂成冊;總賬賬頁的格式有傳統(tǒng)三欄借貸式總賬和科目匯總式總賬，后者可代替前者;明細賬的格式可有三欄式、多欄式和數(shù)量金額式等。(5)平行登賬上存在差異。在手工會計登賬時，總賬由一名會計人員根據(jù)審核無誤的記賬憑證，或科目匯總表，或匯總記賬憑證進行登錄，明細賬由另一名會計也根據(jù)原始憑證或記賬憑證進行平行登錄，月末校驗兩者是否相等。由于兩名會計在登錄時有可能發(fā)生錯誤，因此平行登賬可以檢查錯誤。但是在會計電算化中，總賬與明細賬的數(shù)據(jù)均來源于原始憑證或記賬憑證，計算機按照登錄總賬和明細賬的程序命令，將數(shù)據(jù)從記賬憑證數(shù)據(jù)庫中轉移到總賬數(shù)據(jù)庫和明細賬數(shù)據(jù)庫，而計算機的內(nèi)部運算是不可能發(fā)生數(shù)據(jù)運算錯誤的，所以在會計電算化中總賬金額恒等于明細賬金額。因此，平行登賬的校驗功能在會計電算化中已失去了其原先的作用。(6)日記賬和明細賬作用有所差異。在手工會計中通常僅對現(xiàn)金和銀行存款設置日記賬，目的是為了序時記錄貨幣資金的發(fā)生情況，做到與貨幣資金日清月結、錢賬兩清。憑證信息是分散的，不便于查詢，明細賬僅是為了方便查詢憑證而設置的，雖然任何科目按科目重新登錄在明細賬上，耗時且易錯。而在會計電算化中，雖然任何科目都可有日記賬和明細賬，但所有日記賬和明細賬上的數(shù)據(jù)均來源于記賬憑證，由于采用了計算機這一高效能的工具，在賬務軟件中對記賬憑證提供了多種查詢條件，如日期、憑證號、科目代碼、搞要、單位名稱、單據(jù)號、錄入員、審核員、借方金額、貸方金額、收入數(shù)量、余額等等，查詢的方法可分為確定查詢、自由查詢、組合查詢和模糊查詢四種，可查詢到企業(yè)的所有業(yè)務信息，由此看來，明細賬在CAIS中意義已不再重要，可以取消，根據(jù)財政部文件規(guī)定，明細賬可以一年輸出一次，僅是為了存檔的需要。兩者相同點在于：(1)系統(tǒng)目標一致。兩者都對企業(yè)的經(jīng)濟業(yè)務進行記錄和核算，最終目標都是為了加強經(jīng)營管理，提供會計信息，參與經(jīng)營決策，提高企業(yè)經(jīng)濟效益。(2)都要保存會計檔案。作為會計信息系統(tǒng)的輸出，會計信息檔案必須妥善保存，以便查詢。(3)都要遵守會計和財務制度，以及國家的各項財經(jīng)法紀，嚴格貫徹執(zhí)行會計法規(guī)，從措施、技術、制度上堵塞各種可能的漏洞，消除弊端，防止作弊。(4)系統(tǒng)的基本功能相同。任何一個信息要達到系統(tǒng)目標，都應具備信息的采集輸入、存貯、加工處理、傳輸和輸出這五項功能。(5)采用的基本會計理論與方法一致。兩系統(tǒng)都要遵循基本的會計理論和方法，都采用復式記賬原理。(6)編制會計報表的要求相同。兩系統(tǒng)都要編制會計報表，并且都必須按國家要求編制企業(yè)外部報表。