（一）辦公室1、負責擬定司內(nèi)工作制度，管理日常辦公事務。2、負責司召開的重要會議及司務會、司長辦公會的會務工作和決定事項的催辦工作。3、負責司內(nèi)公文處理、印鑒管理、文秘、檔案、保密和行政事務管理工作。4、負責司內(nèi)人事、黨務、紀檢和監(jiān)察工作。5、負責我國政府與外國政府間的海（河）運協(xié)定工作及對外聯(lián)絡、國內(nèi)部門間協(xié)調(diào)、擬定協(xié)定草案、談判預案、組織談判、籌備簽約等事宜，并監(jiān)督執(zhí)行。6、歸口管理司內(nèi)外事工作，負責司內(nèi)智力引進、人才和技術(shù)交流、培訓項目的審核和對外聯(lián)絡。7、參與擬定我國涉外法規(guī)、規(guī)章和有關(guān)航運政策工作。8、承辦司領(lǐng)導交辦的其他工作。（二）交通部臺灣事務辦公室海峽兩岸通航處1、貫徹執(zhí)行黨中央、國務院對臺工作的方針政策，在部對臺工作領(lǐng)導小組的指導下，歸口管理交通系統(tǒng)涉臺工作。2、擬定有關(guān)交通對臺政策、規(guī)劃、計劃，并組織實施。3、協(xié)調(diào)兩岸通航業(yè)務，會辦臺灣航商在大陸設(shè)立機構(gòu)及掛靠兩岸港口航線準入工作。4、負責部機關(guān)的赴臺事務，辦理交通系統(tǒng)赴臺項目和人員審核工作。5、歸口管理與交通行業(yè)有關(guān)的兩岸學術(shù)、技術(shù)交流活動；負責部對臺宣傳工作，組織編輯對臺宣傳資料，擬定對臺發(fā)言口徑。6、指導海峽兩岸航運交流協(xié)會業(yè)務工作；負責部機關(guān)的對臺聯(lián)絡和臺灣來訪人士的接待工作。7、承辦部對臺領(lǐng)導小組的日常工作及上級交辦的其他工作。（三）政策法規(guī)處1、組織研究水運行業(yè)發(fā)展戰(zhàn)略和產(chǎn)業(yè)政策；參與水運行業(yè)規(guī)劃、中長期計劃的制定和水運體制改革工作。2、負責起草司綜合性文件，擬定司年度工作計劃和總結(jié)，負責司內(nèi)核稿工作。3、負責司內(nèi)業(yè)務綜合工作，協(xié)調(diào)司內(nèi)、司與其它部門之間的業(yè)務工作。4、指導水運行業(yè)信息建設(shè)工作，歸口管理司內(nèi)信息系統(tǒng)。負責水運宣傳工作。5、負責水路運輸生產(chǎn)形勢綜合分析及水運行業(yè)基礎(chǔ)資料的收集、整理和發(fā)布工作。6、歸口管理司內(nèi)水運行業(yè)“國標”、“行標”制訂和軟科學研究項目立項的組織、協(xié)調(diào)工作。負責水路貨運質(zhì)量管理工作。7、歸口管理司內(nèi)立法工作，擬定司立法工作程序，并組織實施。8、擬定水運立法基本框架，負責司內(nèi)立法工作規(guī)劃、計劃，并組織實施。9、負責起草、修訂有關(guān)水運行政法律、法規(guī)；參與行政規(guī)章的起草工作，負責行政規(guī)章的協(xié)調(diào)和審核。負責有關(guān)水運民商關(guān)系的法律、法規(guī)和規(guī)章的起草工作。10、負責組織司內(nèi)對全國人大、國務院和其他有關(guān)部門征求我部意見的法律、法規(guī)、規(guī)章草案提出修改意見及匯總工作。11、負責水運行政執(zhí)法管理和行政復議的有關(guān)工作。根據(jù)立法工作需要，開展立法項目的配套課題研究，負責組織水運法規(guī)匯編。12、組織或參與水運立法方面的國際交流活動，參與有關(guān)國際公約擬定、修訂的工作。負責水運司業(yè)務職責范圍內(nèi)的國際合作的協(xié)調(diào)管理工作。13、承辦司領(lǐng)導交辦的其他工作。（四）運輸與安全處1、負責組織、協(xié)調(diào)關(guān)系國計民生的重點物資、緊急物資、搶險救災、軍運和軍貿(mào)等特殊物資運輸；參與國防動員中有關(guān)運輸組織工作。2、負責防汛、抗旱和三峽等重要水域的通航運輸組織協(xié)調(diào)工作。3、負責暑期、春節(jié)、假日旅游及專項客運的組織協(xié)調(diào)及國際旅游船來華的管理工作。4、負責交通專項用油的計劃、供應和管理工作。5、負責港口安全生產(chǎn)情況的監(jiān)督檢查，港口安全評估、評價、評審，港口安全事故（船舶事故除外）的統(tǒng)計及案例收集分析與通報。6、負責水運司業(yè)務職責范圍內(nèi)的安全歸口管理及應急管理工作。7、負責水運危險貨物運輸管理法規(guī)的制定工作。8、承辦司領(lǐng)導交辦的其他工作。（五）國內(nèi)航運管理處（交通部治理水路“三亂”辦公室）1、組織擬定國內(nèi)水運發(fā)展戰(zhàn)略、政策、規(guī)劃，并監(jiān)督實施。2、負責擬定國內(nèi)水路運輸行政規(guī)章和有關(guān)船舶技術(shù)政策、標準，并監(jiān)督實施。3、負責國內(nèi)水路運輸（客貨及水運輔助）行業(yè)管理；負責國內(nèi)水路運輸（客貨及水運輔助）企業(yè)、船舶、航線的管理工作；指導水路運政管理隊伍建設(shè)。4、負責水運運力總量和結(jié)構(gòu)的調(diào)整，擬定調(diào)整政策和措施，并監(jiān)督實施；負責進口“二手船”的管理工作。5、承辦部治理水路 “三亂”辦公室的日常工作。6、負責國內(nèi)水路客貨運輸價格、規(guī)費及客運質(zhì)量的監(jiān)督管理工作。7、承辦司領(lǐng)導交辦的其他工作。（六）國際航運管理處1、組織擬定國際海運、海運輔助業(yè)和國際物流發(fā)展戰(zhàn)略、政策、規(guī)劃，并監(jiān)督實施。2、負責擬定國際海運及海運輔助業(yè)的行政管理規(guī)章和技術(shù)經(jīng)濟政策，并監(jiān)督實施。3、組織擬定中國加入WTO有關(guān)海運服務的政策、措施；參與政府間國際水路運輸雙邊、多邊協(xié)定和有關(guān)國際公約、規(guī)則的制訂、修訂工作及對外海運談判工作。4、負責外商投資國際海運、海運輔助企業(yè)及外國航商在華設(shè)立分支機構(gòu)和常駐代表機構(gòu)的管理工作。5、負責國際海運及海運輔助企業(yè)、船舶、班輪航線和國際集裝箱多式聯(lián)運及物流的管理工作。6、負責內(nèi)地與港、澳及臺灣海峽兩岸間的航運管理工作。7、負責國際海運及海運輔助業(yè)價格、規(guī)費的管理工作。8、承辦司領(lǐng)導交辦的其他工作。（七）基本建設(shè)管理處1、組織擬定沿海港口和部屬單位基本建設(shè)項目建設(shè)及維護的管理規(guī)章，并監(jiān)督實施。2、參與沿海港口和部屬單位的基本建設(shè)規(guī)劃及投資計劃的編制工作和項目的前期工作。3、組織審查、審批沿海港口大中型基本建設(shè)、技術(shù)改造項目和以中央投資為主的沿海港口及部屬單位的基本建設(shè)、技術(shù)改造項目的設(shè)計，并監(jiān)督項目的實施，組織竣工驗收。4、負責沿海港口建設(shè)的行業(yè)管理和水運工程質(zhì)量管理，負責建設(shè)項目招投標的監(jiān)督執(zhí)法工作，審批、申報沿海港口以中央投資為主的大、中型及限額以上的基本建設(shè)項目及部屬單位基本建設(shè)項目的開工報告。5、負責管理、指導和監(jiān)督沿海港口和部屬單位基本建設(shè)與技術(shù)改造項目利用外資的招標投標、設(shè)備采購等工作。6、辦理水運工程設(shè)計、施工單位承擔境外工程的立項及有關(guān)審批事宜。7、匯總上報港口大、中型建設(shè)項目完成情況統(tǒng)計報表。8、承辦司領(lǐng)導交辦的其他工作。（八）工程技術(shù)處1、組織擬定水運工程建設(shè)技術(shù)法規(guī),負責擬定水運工程建設(shè)標準、規(guī)范和定額；負責培育規(guī)范水運工程建設(shè)市場準入的管理，并監(jiān)督實施。2、歸口管理水運工程新技術(shù)、新工藝、新材料的技術(shù)開發(fā)和成果應用推廣工作，負責有關(guān)技術(shù)交流和科研項目工作。3、負責水運工程設(shè)計計算機輔助設(shè)計的管理，并組織審定、登錄及推廣工作。4、參與組織國家和部重大科技攻關(guān)項目及項目的實施管理和科技成果的鑒定、應用推廣；參與大中型水運工程建設(shè)項目的設(shè)計審查工作。5、負責水運工程建設(shè)、咨詢、勘察、設(shè)計、造價和施工單位的資質(zhì)、資信管理工作。6、負責注冊水運結(jié)構(gòu)工程師、造價工程師及施工企業(yè)項目經(jīng)理的個人資質(zhì)認證管理工作。7、承辦司領(lǐng)導交辦的其他工作。(九）航道處(三峽處)1．組織擬訂航道維護、管理的政策、法規(guī)，并監(jiān)督執(zhí)行；指導航道管理體制和養(yǎng)護機制改革工作。2．組織審定、公布全國航道技術(shù)等級；負責組織文明樣板航道創(chuàng)建工作；負責國境河流航道管理工作；歸口管理通航水域公用航道及其維護管理工作；指導地方航道及其維護管理工作。3．負責航道養(yǎng)護費、船舶過閘費等航道規(guī)費的征收、使用管理以及相關(guān)辦法的制定工作。4．組織、指導航道養(yǎng)護及航標新技術(shù)的推廣應用，經(jīng)驗交流，開展航道管理對外經(jīng)濟技術(shù)交流與合作和人才培訓。5．歸口管理航道通告和航標動態(tài)通告發(fā)布及內(nèi)河航道測量、疏浚工作。6．組織對涉及重要航道跨河、攔河、臨河建筑物的通航標準和技術(shù)要求的審批。7．參與協(xié)調(diào)水資源綜合利用中涉及航道管理方面的工作，指導航道自然災害的防范和治理。8．負責落實國務院三峽工程建設(shè)委員會、部三峽工程航運領(lǐng)導小組對三峽工程航運方面的有關(guān)決定，并監(jiān)督執(zhí)行。9，負責提出三峽工程通航標準、技術(shù)規(guī)定、技術(shù)要求等；負責擬訂與三峽工程航運有關(guān)的科研項目計劃及調(diào)研工作，并監(jiān)督實施。10．負責三峽通航運輸及三峽工程建設(shè)中涉及壩區(qū)航運有關(guān)業(yè)務的協(xié)調(diào)工作；歸口管理三峽工程通航設(shè)施(船閘、升船機)的運行、維護及管理工作。11．承辦司領(lǐng)導交辦的其他工作。(十)內(nèi)河建設(shè)處1．組織擬訂內(nèi)河航運建設(shè)的政策、法規(guī)和管理辦法，并監(jiān)督執(zhí)行。2．參與內(nèi)河航運建設(shè)發(fā)展規(guī)劃及年度投資計劃的編制和建設(shè)項目的前期工作。3．負責國家重點和中央投資、中央投資為主的內(nèi)河航運基本建設(shè)項目設(shè)計文件審查(初步設(shè)計審批)、開工報告審查以及竣工驗收等工作；指導內(nèi)河航運建設(shè)項目的管理、質(zhì)量監(jiān)督、招投標工作。4．負責與地方政府有關(guān)部門聯(lián)合審查中央與地方聯(lián)合投資的內(nèi)河航運基本建設(shè)項目的初步設(shè)計，并監(jiān)督項目的實施，聯(lián)合組織竣工驗收。5．負責內(nèi)河航運工程建設(shè)的行業(yè)管理；指導內(nèi)河工程質(zhì)量管理、建設(shè)市場的監(jiān)督管理和監(jiān)督執(zhí)法工作。6．指導和監(jiān)督利用外資的內(nèi)河航運建設(shè)項目招投標、質(zhì)量管理、設(shè)備采購、人員培訓、項目總結(jié)等工作。7．參與水資源綜合利用、水土保持有關(guān)航運建設(shè)方面的協(xié)調(diào)工作。8．負責中德、中法內(nèi)河航運合作協(xié)議的執(zhí)行，以及內(nèi)河建設(shè)方面的對外交流與合作。9．承辦司領(lǐng)導交辦的其他工作。（十一）港口管理處1、組織擬定港口管理行政規(guī)章、發(fā)展政策和技術(shù)標準，并監(jiān)督實施。2、參與港口發(fā)展戰(zhàn)略、規(guī)劃的擬定和港口基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)項目的前期工作。3、負責港口體制改革工作，研究擬定改革方案，并組織實施。4、負責港口規(guī)費和經(jīng)營性收費的管理工作。5、負責港口市場準入、經(jīng)營行為的行業(yè)管理工作。6、負責引航和理貨的行業(yè)管理，擬定引航、理貨的管理法規(guī)，審批引航機構(gòu)的設(shè)置。7、擬定港口機械設(shè)備技術(shù)發(fā)展政策、技術(shù)標準和規(guī)范，并監(jiān)督實施。8、負責部對外開放水路口岸規(guī)劃、對外開放港口保稅區(qū)的審定工作。9、負責港口對外交流和友好港的審定工作。10、承辦司領(lǐng)導交辦的其他工作。