初創(chuàng)時，校址設(shè)在縣立楓林小學(xué)內(nèi)。1939年6月，渠口新校舍動工興建，1940年8月，開始遷往渠口村。1950年春又遷到現(xiàn)校址巖頭鎮(zhèn)。1939年4月，校長徐石麟讓賢辭職，校董事會議決聘請瑞安金嶸軒先生為第二任校長。后繼任校長是陳修仁、徐石麟、陳應(yīng)如諸先生。解放后，永嘉縣人民政府委任陳虹東先生為校長。1956年該校改為公立學(xué)校，繼之以何經(jīng)祥、周兆元、陳則順、胡方瑾（縣委副書記周春和兼校長）、李象宣、謝立新、鄭繼永、鄭九婁、陳巖臣、陳鴻儒、毛光壽、金建武同志，為校長或黨支部書記。該校校名屢易。1956年改為永嘉第二初級中學(xué)。1958年命為永嘉中學(xué)。1960年又易名為永嘉二中學(xué)。（1970年2月至1972年8月改校名為巖頭公社中學(xué)，校革委會主任由巖頭公社黨委書記鄭洪福兼）。1977年5月該校易名永嘉縣巖頭中學(xué)，1991年撤區(qū)后，改校名為永嘉縣巖頭中學(xué)。1998年更名為“永嘉第二高級中學(xué)”。該校規(guī)模不斷增大，剛創(chuàng)辦，僅1個班級50名學(xué)生。1939年2月，增招初中一年級2個班100名學(xué)生。1941年2月，胡榮銓先生創(chuàng)辦于碧蓮的“甌北補中”191名初中學(xué)生并入該校。1945年9月，學(xué)校增開高中部，招高中一年級新生17名。次年2月，因經(jīng)費限制和高中班人數(shù)太少，高中班學(xué)生并入樂清縣樂城中學(xué)。1946年11月，省教育廳長李超英蒞校視察，并撥給學(xué)校一套圖書和理化儀器。1947年2月，永嘉縣簡易師范楓林分部二、三年級4個班并入該校，分設(shè)初中部和簡易師范部。是年8月，簡師四年級學(xué)生30多人并入溫州本部學(xué)習(xí)，該校在渠口招收簡師新生2個班、初中新生2個班。新中國誕生后，學(xué)生紛紛參加革命，人數(shù)銳減，當時全校學(xué)生數(shù)僅95人，教職員14人。1954年，學(xué)校發(fā)展到9個班級，在校學(xué)生507人，教職員增到30人。1956年，縣政府撥款4萬元，在巖頭校園興建一幢12個教室的教學(xué)大樓。1958年秋增設(shè)高中部。1962年“永嘉八初”（即楓林中學(xué)）并入該校，共有班級13個，在校學(xué)生720人。1970年2月學(xué)校教師紛紛下派到巖頭區(qū)各公社創(chuàng)建初中，該校教職工減到21人。1984年8月至1991年7月，該校管轄巖頭區(qū)11所鄉(xiāng)鎮(zhèn)中學(xué)。1988年，學(xué)校開設(shè)衛(wèi)生和種養(yǎng)職高班。1990年，全校共有16個班級，994名學(xué)生，教職員工76人。1998年9月，全校共24個班級（其中初中10個班），1347名學(xué)生，教職工87人。文革后，高中學(xué)生向原巖頭、巖坦兩區(qū)招生，初中學(xué)生向巖頭鎮(zhèn)所在地招生，少量向巖頭全區(qū)招生。按縣府計劃，1998年起停招初中生，至2000年該校成為24個班級規(guī)模的高級中學(xué)。 現(xiàn)有班級36個。近幾年來，學(xué)校新建了教學(xué)、實驗大樓和教工宿舍（并有38間店面），校產(chǎn)與教學(xué)設(shè)備不斷充實，體育器材、衛(wèi)生保健設(shè)施良好，并創(chuàng)建2個屋頂花園，學(xué)校環(huán)境和教學(xué)條件明顯改善。