基礎(chǔ)部：基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、生物學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)、特種醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、生物醫(yī)學(xué)工程、外國語言文學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)與技術(shù)海軍醫(yī)學(xué)系：潛水醫(yī)學(xué)、軍事航海醫(yī)學(xué)、軍隊(duì)衛(wèi)生學(xué)、防原醫(yī)學(xué)、防化醫(yī)學(xué)藥學(xué)院：藥理學(xué)、藥物化學(xué)、藥劑學(xué)、藥物分析學(xué)、生藥學(xué)、微生物與生化藥學(xué)、藥事管理學(xué)衛(wèi)勤系：衛(wèi)生勤務(wù)護(hù)理學(xué)院：護(hù)理學(xué)心理與精神衛(wèi)生學(xué)系：基礎(chǔ)心理學(xué)、軍事心理學(xué)、醫(yī)學(xué)心理學(xué)、精神醫(yī)學(xué)、臨床精神疾病診治熱帶醫(yī)學(xué)與公共衛(wèi)生學(xué)系：熱帶傳染病學(xué)、流行病學(xué)、環(huán)境衛(wèi)生學(xué)、衛(wèi)生毒理學(xué)、生物防御（微生物）、防化醫(yī)學(xué)中醫(yī)系：中醫(yī)基礎(chǔ)理論、中藥方劑、經(jīng)典著作、針灸推拿、中醫(yī)外科、中醫(yī)內(nèi)科中國人民解放軍海軍軍醫(yī)大學(xué)（The Second Military Medical University），簡(jiǎn)稱海軍軍醫(yī)大學(xué)（第二軍醫(yī)大學(xué)），國家“211工程”、軍隊(duì)“2110工程”和原總后勤部“530工程”重點(diǎn)建設(shè)院校，首批國家“雙一流”世界一流學(xué)科建設(shè)高校，軍隊(duì)研究生培養(yǎng)重點(diǎn)建設(shè)院校，是軍隊(duì)3所設(shè)置研究生院的單位之一，是全國首批博士、碩士學(xué)位授予單位和首批開辦八年制醫(yī)學(xué)教育的高校，入選教育部“卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計(jì)劃”、國家建設(shè)高水平大學(xué)公派研究生項(xiàng)目、國家生命科學(xué)與技術(shù)人才培養(yǎng)基地、外軍醫(yī)學(xué)留學(xué)生培養(yǎng)基地。在滬附屬醫(yī)院有上海長海醫(yī)院、上海長征醫(yī)院、東方肝膽外科醫(yī)院、上海市浦東新區(qū)公利醫(yī)院。海軍軍醫(yī)大學(xué)創(chuàng)建于1949年9月，當(dāng)時(shí)稱華東軍區(qū)人民醫(yī)學(xué)院，主要由華東醫(yī)務(wù)干部學(xué)校、第三野戰(zhàn)軍衛(wèi)生部醫(yī)學(xué)院、國民黨原國防醫(yī)學(xué)院部分留大陸人員和從地方招聘的專家教授組成。1950年10月，更名為上海軍醫(yī)大學(xué)。1951年7月9日，由中央軍委正式命名為中國人民解放軍第二軍醫(yī)大學(xué)。2017年6月29日，更名為中國人民解放軍海軍軍醫(yī)大學(xué)，并對(duì)外保留第二軍醫(yī)大學(xué)校名。